Bukidnon vốn là một phần của tỉnh Misamis. Khu vực mà sau đó được gọi là Malaybalay (nghĩa là "vài ngôi nhà") còn người dân được gọi là Bukidnon (người miền núi). Tỉnh được tách ra ngày năm 1917 bởi chính quyền Philippines. Năm 1942, quân xâm lược Nhật Bản tiến vào Bukidnon và đến năm 1945 tỉnh được giải phóng bởi liên quân Hoa Kỳ và Philippines.